13 ist eine 17-Jährige mit mysteriöser Vergangenheit, die von einem Syndikat namens „The Shadow“ von Kindesbeinen an zur Attentäterin ausgebildet wird. Als 13 bei einer Mission in Japan ein Fehler unterläuft, wird sie in die indonesische Hauptstadt Jakarta geschickt, wo über ihre weitere Zukunft entschieden werden soll. In den Slums der Metropole trifft sie per Zufall auf den 11-jährigen Monji, dessen Mutter vor kurzem von lokalen Gangstern ermordet wurde. Die beiden freunden sich an – doch dann ist Monji plötzlich spurlos verschwunden, entführt von denjenigen, die schon seine Mutter auf dem Gewissen haben. Wutentbrannt sucht 13 nach den Kidnappern und hinterlässt dabei eine Schneise der Verwüstung, was auch ihre Mentorin Umbra und die anderen von „The Shadow“ gegen sie aufbringt.