Nachdem sie jahrelang von der menschlichen Welt abgeschirmt waren, machten sich die Turtle-Brüder daran, die Herzen der New Yorker zu erobern und durch Heldentaten als normale Teenager akzeptiert zu werden. Ihre neue Freundin April O'Neil hilft ihnen, sich einem mysteriösen Verbrechersyndikat zu stellen, doch schon bald geraten sie in Schwierigkeiten, als eine Armee von Mutanten auf sie losgelassen wird.