Arata Kasuga lebt nach den Ereignissen der ersten Staffel immer noch kein einfaches Leben. Zu seinem Unglück taucht dann auch noch ein junges Mädchen namens Lilim neben ihm auf, als er versehentlich das Grimoire „Hermes Apocrypha“ von Lilith Aasami berührt. Diese bezeichnet Arata sowie Lilith als ihre Eltern. Zur selben Zeit bestürzt ebenfalls ein anderes Ereignis die Welt, da sich die verbotene Eternal Library geöffnet hat, in der sich der besagte Höhepunkt der Alchemie befindet: der Weiße Dämonenlord!