Einem außerirdischen Schiff gelingt es, die Verteidigungssysteme der Erde zu durchbrechen. Captain Layton wird geschickt, um Nachforschungen anzustellen und die Eindringlinge zu finden. Zusammen mit Freunden vom Planeten Ganymed entdeckt er die Feinde in einer versteckten unterirdischen Stadt auf der Erde.